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神奇宝贝一共有493 种，而确定中文名称的有 391 种，虽然不同的神奇宝贝圖鑑拥有不同的编号顺序，如神奇宝贝全国图鉴顺序、芳緣聯盟圖鑑順序、神奇宝贝管理員圖鑑順序和新奧聯盟圖鑑編號等。
其中神奇宝贝全國圖鑑中，編號1到151為第一代神奇宝贝（對應紅、綠、藍、黃版），編號152到251為第二代神奇宝贝（對應金、銀、水晶版，使用城都聯盟圖鑑），編號252到386為第三代神奇宝贝（對應紅寶石、藍寶石、綠寶石版，使用芳緣聯盟圖鑑），編號387～493為第四代神奇宝贝（對應珍珠、鑽石版，使用新奧聯盟圖鑑）。
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